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Los mutantes están más perseguidos que nunca. Vistos como bichos raros, y después de un asalto sufrido en la Casa Blanca, el presidente ordena actuar contra ellos para lograr su control. Lo que no sabe es que el ataque de ese mutante anónimo fue coordinado en realidad por uno de sus asesores militares, William Stryker, con el fin de poder actuar de modo contundente contra los mutantes, a los que odia por razones muy personales. De modo que la Escuela de Jóvenes con Talento va a ser asaltada por el ejército, al tiempo que Stryker obliga al profesor Xavier a utilizar el Cerebro, para convocar a todos los mutantes y aniquilarlos. Las amenazas hacen extraños compañeros de cama, de modo que los pupilos del profesor van a colaborar con Magneto a la hora de enfrentarse a la actual amenaza.